الهيكل التنظيمي للمركز:

• وكيل الجامعة للمرافق الصحية  (الرئيس).

• المدير التنفيذي.

• اللجنة العلمية وتمثل فيها الجهات التالية: (كلية الطب – كلية طب الأسنان – كلية الصيدلة – كلية العلوم الطبية الأساسية – مركز التدريب).

• المدير الإداري.

• منسق الشؤون الأكاديمية.

• مشرفوا المهارات السريرية.